同治十三年(1874)，在马厂和新城之间修筑了"马新大道"，沿途设立驿站，40里一大站，10里一小站，共设大站4所，小站11所。光绪元年(1875)，盛字军由马厂移屯涝水套，这里是大沽以西的第五个驿站，军士习惯称小站，此即今日小站地名由来。
位于大沽海防与天津城厢中间，系京津屏障，进能挡关，退可纵横，乃历代兵家屯兵及防御之地。1870年天津教案爆发后，直隶总督李鸿章调手下周盛传部“盛字军”屯防于直隶青县的马厂练兵，同时负责修建新城炮台。为了方便交通，“盛字军”在马厂至新城间修筑一条马新大道，沿途分驿站，每20公里设一大站，每5公里设一小站，于是这个小镇有了它别致的名字——“小站”。当地农民继续引进南方优质稻种，并与朝鲜“银坊”等稻种杂交，培育出米粒洁白圆润、香甜可口的“小站稻”，真是“一家煮饭，四邻飘香”。原本人烟稀少、满目荒滩的小站地区，成为了阡陌纵横、流水潺潺的北国鱼米之乡。“小站稻”也成为了我国当时唯一以生产区域命名的水+查看详细小站镇概况>>
2023年11月，小站镇被确定为2023年天津市乡村治理示范村镇。
2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，小站镇（小站稻）榜上有名。
2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，小站镇上榜。
2020年5月，小站镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。
2015年7月，小站镇入选第三批全国特色景观旅游名镇名村示范名单。
小站练兵园小站练兵园位于津南区小站镇，占地约300亩，总投资3.2个多亿，总建筑面积8.77万平方米，建成于2008年，是天津市“近代中国看天津”旅游板块重点项目之一，目前是国家3a级旅游景区。小站练天山海世界·米立方水上乐园天山海世界米立方拥有国际顶级水上休闲游乐项目，集惊险、刺激、动感、娱乐、休闲于一体。以多种惊险刺激的水上滑道、24种不同类型的海浪和500米长的探险漂流为核心，集温泉SPA区、人工沙滩、梦幻天津市名洋湖都市庄园名洋湖都市庄园坐落于津南区小站镇南部，占地面积6300多亩，紧邻滨海新区，距北京149公里，距天津中心区20公里，东邻天津港，天津国际机场，园区紧邻津岐公路、津港公路和天津大道等交通要道及多天津周公祠介绍 周公祠坐落于天津市津南区小站镇会馆村。建于1890年，系为纪念周盛传、周盛波兄弟所建。周盛传（1833？？1885），字薪如，晚年号北海老农，安徽合肥周家圩子人。清李鸿章部下，早历史沿革：清光绪二十一年（1895），袁世凯在小站练兵期间，将小站改名为新农镇，辛亥革命后复名小站。
1948年12月解放，为小站镇驻地。
1949年1月天津解放，属天津县第六区。
1953年设小站镇，属天津市津南郊区。
1958年9月划入天津市河西区，为小站人民公社。
1959年3月属天津市河西区，为小站人民公社小站管理区。
1961年12月属天津市南郊区。
1964年小站公社析置小站镇。
1966年小站人民公社改为红旗+查看详细小站镇历史沿革>>
